Wesendorf ist – aus slavischer Gründung – ein altes Wendendorf. Noch heute weist es in seiner Anlage als Rundling auf diesen frühen Ursprung hin. 1438 wurden die Dienste des Dorfes den von Arnims überwiesen und gehörten forthin als Lehnsstück zu Schloss Zernikow. Im 30-jährigen Krieg wurde Wesendorf fast vollständig zerstört. 1680 gab es nur noch zwei Höfe. 1848 wurde es durch einen Brand erneut vollständig zerstört, dann jedoch wieder aufgebaut.

Die ursprüngliche Feldsteinkirche wurde zerstört, ein Neuaufbau als Klinkerbau im neogotischen Stil stammt aus der Zeit um 1850.